Nasjonalparken er opprettet for å ta vare på variasjonen og mangfoldet knyttet til landskap, geologi og biologi på land og i sjøen. Tallet på arter er høyt, og totalt er det registrert 309 rødlistearter i området, blant annet kammarimjelle og gul hornvalmue.
Nasjonalparken preges av et særegent skjærgårdslandskap, med svaberg, jettegryter og strandvoller. Det er også et viktig hekkeområde for sjøfugl, og derfor er det innført ferdselsforbud i hekketiden på noen av de viktigste hekkeholmene. Området er også hjem for en svært mangfoldig planteflora og insektsfauna. Inne i parken kan du finne rødlistearter som kammarimjelle, gul hornvalmue, kjempestarr og jordbærkløver i tillegg til de kritisk truede sommerfuglartene okerdvergmåler og prikkrutevinge. I områdne under vann finner vi gruntvannsområder med store tareskoger og frodige ålegressenger. I de dypere områdene er det et spennende sjøbunnlandskap med store fjellkløfter og flate bløtbunnsområder, og det er et stort artsmangfold, både på dypt og grunt vann.